Иван Саенко родом из футбольной семьи. Его первым тренером стал отец — Иван Васильевич Саенко, специализирующийся на женских командах. Брат Эдуард Саенко был футбольным тренером и функционером. 29 октября 2019 года Иван был осужден на 3,5 года тюрьмы за мошенничество на сумму в 600 тысяч долларов.