В конце 1950-х годов ранее весьма комфортные отношения, по крайней мере, внешне, митрополита Николая и государственной властью обострились. Он не смог или не хотел адаптироваться к новым внутриполитическим реалиям периода руководства страной Никиты Хрущева, которое характеризовалось, наряду с явлениями "оттепели", также и активизацией атеистической и антицерковной политики директивных органов. Митрополит позволял себе публичные выступления с критикой материализма и атеизма.